Нашел Disk Redactor от Ceseo. Программа как раз предназначена для зачистки свободного места на дисках. Запустил на диск C:, фигачит, причем быстро. Ну клево, думаю, молодцы. Странно только, что на официальном сайте упоминания этой программы нет.
Подозрения начали закрадываться, когда винда сказанула, что на C: заканчивается свободное место, а прогресс-бар в утилите значительно замедлился. Посмотрел в фаре - так и есть, тупо создаётся несколько больших файлов, которые по окончанию работы удаляются. Пипец. Долго думали, интересно? Софтина свое предназначение почти выполняет (таблица файлов и небольшой кусок данных может оставить нетронутыми), но при этом гадит файловую систему, фрагментируя MFT в случае NTFS.
Кстати, хороший наглядный пример, как производительность работы с файловой системы зависит от размера свободного места. Жопа на NTFS начинается, когда диск заполнен более, чем на 87.5%, так как 12.5% изначально резервируется под MFT и по мере нехватки места этот процент сокращается, а таблица файлов фрагментируется при необходимости расширения.